Yamato sert de remplaçant à Kakashi en tant que leader de l'équipe 7, celui-ci étant dans un état d'épuisement physique suite à l'utilisation poussée de son Mangekyō Sharingan contre Deidara.
Yamato a la particularité de pouvoir utiliser des jutsu de type mokuton (élément bois), alors que seul le premier hokage était connu pour disposer de telles techniques. On apprendra par la suite que Yamato est le fruit d'une expérience d'Orochimaru qui tentait de recréer les pouvoirs du premier hokage en mélangeant ses cellules à des nouveau-nés. Yamato est le seul à avoir survécu (sur soixante enfants), à l'insu d'Orochimaru.
Yamato a aussi hérité de la capacité du premier hokage à contrôler les bijū, bien qu'il ne puisse l'utiliser dans les mêmes conditions. Cette technique unique lui permettra de forcer Naruto à sortir de sa transformation en Kyūbi à quatre queues.
Ses affinités sont suiton (eau) et doton (terre), ce qui, combiné, lui permet d'utiliser le mokuton.
Yamato est un personnage respecté par Naruto et Sakura, mais ils se méfient de la nouvelle recrue de l'équipe, Sai. Il a tendance à s'énerver quand Naruto ne lui obéit pas en sortant les « gros yeux » ce qui effraie particulièrement Naruto et rend le personnage très attachant. À la fin du combat contre Orochimaru, juste après que Naruto, possédé par le démon renard, a blessé Sakura, Yamato exécute une technique que seul Shodai Hokage savait maîtriser, qui supprimme le chakra de Kyūbi. Sakura utilise par la suite son jutsu médical pour soigner les blessures infligées à Naruto par le chakra de Kyūbi. Yamato remarque alors les sentiments profonds, voire amoureux, que Sakura éprouve pour Naruto (par la phrase : « Sakura, on le comprend juste en te regardant... En vérité tu es... » ; Yamato s'interrompt parce que Naruto reprend conscience) car celle-ci supplie Yamato de lui enseigner la technique du 1er Hokage et fait de son mieux pour soigner Naruto malgré la blessure qu'elle a reçu au bras.
Yamato a aussi la capacité de créer des « graines » qui lui permettent, une fois avalées par un des ses coéquipiers, de repérer la position de l'allié ou de l'ennemi par une soudaine apparition de chakra chez l'individu ayant digéré la graine. Ce procédé fut utilisé pour repérer Sai et le pister jusqu'au repaire d'Orochimaru.
Une fois de retour à Konoha, Yamato participe avec Kakashi à l'entraînement de Naruto et est co-responsable de l'enseignement du jutsu Fūton - Rasen-shuriken à Naruto.
Yamato fit partie de la mission de recherche d'Itachi et Sasuke Uchiwa. Il restera en arrière quand l'équipe de Kakashi se retrouvera face à une forêt entière devastée par Amaterasu, jutsu d'Itachi Uchiwa. Il utilisera une technique Doton afin de contenir les flammes et ainsi permettre à l'équipe de poursuivre son chemin.
Par la suite, associé à Sai et Anko Mitarashi, il aura pour mission de tenter de retrouver Kabuto Yakushi.
Il participe activement à la reconstruction de Konoha, suite à sa destruction par Pain, grâce à sa faculté de créer des bâtiments en bois.
Techniques
Mokuton No Jutsu (Tecnique de la Naissance des arbres)
C'est la technique de base de Yamato. Elle lui permet de créer des arbres et du bois n'importe où. Elle a plusieurs applications, on peut créer une maison, un bouclier de bois, etc.
Kawarimi no jutsu (Tecnique de Subtitution de bois)
En faisant une substitution il met un mannequin en bois le représentant à sa place.
Mokuton Henge no jutsu (Tecnique de Transformation de bois)
Yamato se transforme en la personne voulue grâce à son élément de bois qui l'enlace avant la transformation.
Moku Bunshin No Jutsu (Clone de bois)
Beaucoup plus puissant que la plupart des techniques de clonage (y compris le Kage Bunshin), le Moku Bunshin ne disparaît pas une fois touché.
Hokage Shiki Jijun Jutsu, Kakuan Nitten Suishu (Technique d'Hokage de Retrait Forcé, La Paume de Retour à l'Innocence)
Sous ce très long nom se cache une technique surpuissante du premier Hokage utilisée par Yamato grâce à son ADN cloné. Celui-ci enchaine une série de signes, puis le sceau « Assis » apparaît sur sa paume de main. Ensuite, il frappe un démon ou un jinchūriki avec la paume de la main. S'ensuit l'épuisement total du chakra de la cible.
Doton: Doryū Jōheki (le Rempart de terre)
Technique de l'élément Terre, un large mur de terre émerge du sol. Il utilise cette technique en conjoncture avec Suiton - Takitsubo Jutsu pour créer une large chute d'eau.
Suiton - La crue destructrice (水遁・破奔流, Suiton - Hahonryū?)
Attaque de l'élément Eau. Pour utiliser cette technique, Yamato génère de l'eau pour l'utiliser contre son opposant. Cette technique se combine avec le Futon Rasengan de Naruto pour former le Gufū Suika, une attaque d'Eau et de Vent surpuissante.
Tornade Igno-Aqueuse (颶風水渦の術, Gufū Suika no Jutsu?)[1] — Rang B (combo)
Technique utilisant l'élément Vent et Eau. Cette technique est un combo de Yamato et Naruto combinant leurs deux attaques élémentaires. Yamato utilise Hahonryū, et Naruto son Fūton Rasengan, les deux attaques combinées créent un énorme typhon capable de repousser une attaque combinée de Feu et de Vent.
Suiton - Takitsubo no Jutsu (Technique du Bassin de la Chute d'Eau)
Technique de l'élément Eau. Elle permet de créer un énorme volume d'eau. Yamato utilise cette technique en conjonction avec Doton[technique de Terre] - Doryū Jōheki pour créer une large chute d'eau.
Mokuton - Moku Jōheki (Le Mur de bois enlacé)
Technique permettant à Yamato de se protéger. Elle fait apparaître une large coque de bois profilée et fixée au sol.
Mokuton - Shichūka no Jutsu (la Maison des Quatre Piliers)
Yamato fait surgir de terre une maison en bois, de style japonais, avec un étage et arborant le symbole de Konoha.
Mokuton - Shichūrō no jutsu (La Prison des Quatre Piliers)
Yamato fait surgir de terre une cage en bois.
Doton - Doryū Katsu no jutsu
Cette technique permet de séparer une petite colline en deux. Yamato s'en sert pour permettre à l'équipe de recherche de passer les flammes noires de la technique Amaterasu.
Mokuton, Renchuka no jutsu
Apparemment, ce jutsu permet de reconstruire le village de Konoha
